地上7階のトランク ヨヨギの客室は全てバルコニー付きで、4タイプあるスタンダードが20室、代々木公園に面したパークビュースイートが4室、最上階のオーナーズ スイートが1室の計25室。代々木公園を見渡せるルーフトップのトランクプールクラブ（宿泊者限定）にはインフィニティープールや温水プール、ジャグジーなどがあり、併設したラウンジではカクテルやシーフードを楽しむことができる。
井の頭通りに面したピッツェリア エ トラットリア ロンベリコは、一般客も利用できるオールダイニングで、本格的ピッツァをはじめ、イタリア各地の伝統料理と日本の素材や調味料を組み合わせたオリジナルメニューを提供する。また、食材には、環境型畜産の肉やエコラベル認証の魚介、廃棄されてしまう規格外野菜などを積極的に使用するなど環境へ配慮している。
ホテルの建築は建築家の芦沢啓治が担当。インテリアデザインは、デンマーク・コペンハーゲンを拠点に活動するノームアーキテクツとの協業で、日本ならではの素材使いや技法と北欧を感じるモダンなデザインが生かされた空間になっている。館内のアートワークは、アウトサイダーアーティストによる作品が中心。滋賀県の障がい者福祉施設であるやまなみ工房とコラボレーションし、トランク ヨヨギのためにつくられた特別なアート作品や国内の若手アーティストの作品が展示されている。
宿泊料金（予価）は1泊6万〜23万円。
